32 尾声
随着存活的量产机在东治和真嗣的合作下被全部消灭，为了防止Seele或是其他组织再试图重启补完计划，NERV选择将位于中央教条区的莉莉丝炸毁。在此之后，NERV在联合国的监督下继续存在，冬月幸三退休后由葛城美里继任司令官职务，而联合国的权威在这场世界性危机后也得到了进一步加强，世界各国开始摒弃前嫌，以加快合作来构建一个地球联合政府。
这场作战后来被定名为“拯救”行动，参加“拯救”行动的所有官兵都得到了特别嘉奖，多名指挥官在战后都得到了升迁，并加入对Seele残余势力的围剿中。
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一些国家在国际原子能机构对埃律西昂使用核武器的行为发表了抗议，但埃律西昂代表宣称其行为是正当的，且并未造成任何人员死亡或环境污染，此事便不了了之。
Seele的少数成员在前元老院议员、Seele核心成员巴尔达斯·阿尔戈斯带领下流亡印加帝国。在Seele的胁迫下，印加帝国被绑上了他们的战车。2019年，随着阿尔戈斯的死亡，Seele势力至此被彻底消灭。
2018年，希腊爱琴海海域，一支刺客小队已经在这一带活动了一段时间，他们此行的目的是在圣殿骑士之前找到传说中失落的伊述城市——亚特兰蒂斯。
对于大众而言，亚特兰蒂斯只是一个存在于传说中的地方，他们从未想过这个地方其实真的存在，事实上这并不奇怪，在经过了八万年漫长的岁月后，所有伊述文明曾经存在过的一切都已经变为了神话和传说，大部分人都难以想象到，这些神话、传说都来源于一个曾经如日中天的高科技史前文明。
在罗马会议后，由于Seele逐渐式微，刺客兄弟会和圣殿骑士团的联盟也渐渐出现了裂痕，最终他们之间的战争再次开始了。
蕾拉·哈桑，前阿布斯泰格工业员工，后来被刺客兄弟会策反，在2016年双方矛盾还尚未激化时，两方的强硬派就已经暗中开始了争斗，就像他们几个世纪前一样，刺客兄弟会和圣殿骑士团为了那些伊述人遗留下来的科技产物争斗不休，蕾拉·哈桑在机缘巧合之下被卷入了这场争斗。
“印加帝国皇帝阿塔瓦尔帕十世在印加帝国首都正式发表声明……为了避免国家走向毁灭，正式下达对巴尔达斯·阿尔戈斯的驱逐令，全国部队向联合国部队投降，本台将继续跟踪报道……”船只上正播放着附近城市广播电台新闻节目，或许是罗德岛上的罗德斯城。
“好了，蕾拉，我们必须在这里将你放下了。”肖恩·黑斯廷斯说道。“我们必须随时小心阿布斯泰格那帮家伙发现我们。”
“真是讽刺啊，明明两三年前我们还在进行合作，现在又开始了战争，世事真是奇妙啊。”丽贝卡·克瑞恩说道。“好了，下去了以后注意保持联系。”
“了解。”
蕾拉找到了一处早已沉入水中的古建筑遗迹，它或许在迈锡尼时代就已经存在了，可能是因为地震让它沉入了水中，蕾拉遵循着通过Animus获得的卡珊德拉的记忆，找到了入口。
经过了一段漫长的路程后，蕾拉来到了一个极为宽敞的大厅，这里应该是当时伊述城市亚特兰蒂斯的中心部分，但此时当务之急是要让亚特兰蒂斯再次运转起来。
随着一系列机关的启动，沉睡了许多年的亚特兰蒂斯再度苏醒了。
“我带来的东西呢，去哪里了？”蕾拉左顾右盼，没有找到，随后她回头一看，却看到了让她目瞪口呆的一幕。
她所认为的，明明已经死了两千多年的卡珊德拉正手持闪着金光的赫尔墨斯·莫吉拉托斯之杖向着她走来。
“了解自己的无知，才能打开知识的大门，这是以前我的一个好朋友告诉我的。”卡珊德拉说道。（这是苏格拉底说的）
卡珊德拉穿着一身西装，正站在她的面前。
“卡珊德拉，这怎么可能！”
“大家以前都叫我驯鹰人，但是我的伊卡洛斯很久以前就死了。”
“我一直在找你，但是你怎么可能……”
“你就没有预料到会遇到我，是命运引导我来到这里。”
“我想你现在一定有很多问题要问我，蕾拉。”
“你怎么会知道我的名字？”
“也许是众神指引了我，但事实上，那是你身上的那个小装置发出的声音告诉我的。”卡珊德拉说道。“而我来到此地的目的，是为了找到你，并将我数个世纪以前引起的事件做个了结。”
“那么你的断矛呢？你要拿回去吗？”
“你留着作纪念吧，反正很久以前它就不能用了。”
“所以你是靠着那根手杖活了那么久的，它是怎么做到的。”
“去问希波克拉底的学生吧，我听说现世仍有好几位，这根手杖也算是功德圆满了。”
“我和我的朋友不会希望圣殿骑士夺走手杖。”
“听我说，秩序和混沌……如果其中一方压倒另一方，那么世界就会崩坏瓦解，所以你必须维持这两方的平衡。”卡珊德拉说道。“过去，我参与了太多的战争，也看过了太多人死去，我走遍了这个世界的每一个角落……现在这是你的了。”
蕾拉正要接过手杖，却被卡珊德拉拦下。
“答应我一件事。”
“你说。”
“一旦一切完成了，就把它毁掉，必须毁掉。”
在脱离了手杖后，卡珊德拉的身体迅速衰老，头发在转瞬间变白，脸上也多出了许多道皱纹。
“大地啊，万物之母，我想祢致敬。”卡珊德拉倒在了地上没了气息。
在2016年的那场大战之后，卡珊德拉使用了赫尔墨斯·莫吉拉托斯之杖的力量清除了几乎所有接触过她的人的记忆，卡珊德拉也曾想将手杖交给明日香（式波），但是她终究不属于这个世界，卡珊德拉最终还是决定，遵从古老的预言，将手杖交给蕾拉·哈桑。
这其中，明日香（式波）还有着自己的使命，而卡珊德拉相信她是值得信赖的人，因此保留了她的记忆。
在联合国公布了第二次冲击以及所谓人类补完计划的真相后，引起了世界舆论的一片哗然，全球民众都呼吁尽快将始作俑者绳之以法。不过在三个主犯中，碇源堂和基路·洛伦兹自杀（由于卡珊德拉抹除了自己的存在，碇源堂的死因变成了自杀），赤木直子很多年前就意外死亡，最终，以碇辉一为首的6名Seele核心成员被判处死刑，其余则被判处终身监禁。
在这样的情况下，碇真嗣，作为罪人的儿子，尽管世界各国舆论对其表示同情而不是指责，然而，一场危机正在他的身边悄然发生，在2017年开始就不断有个人或组织对他进行过各类暗杀活动，其中最严重的一次几乎让他和明日香丧命，所幸救援人员及时赶到，才不至于酿成大祸。
在这种情况下，皇帝君士坦丁十五世决定向碇真嗣提供政治庇护，他在2017年后迁居埃律西昂，此后他一直生活在罗马帝国情报部门的层层保护之下，这一情况直至2022年才有所改观。
一些埃律西昂政治派系看中了碇真嗣的特殊身份，向其开出了极其诱人的条件，他们表示可以为他安排从本科至博士的所有学业，并在未来支持他参加选举。2030年年末，碇真嗣当选新安条克（OTL新奥尔良）市议员，到2056年，原任上赫斯珀里迪亚（OTL加利福尼亚州）总督的碇真嗣被皇帝利奥八世任命为执政官。
其他的前EVA驾驶员中，明日香由于对政治不感兴趣而选择了继续深造，并在后来加入埃律西昂国家航天局；铃原东治后来成为了运动员，并在奥运会中多次夺得奖牌；至于绫波丽，根据后来的调查，二代丽在战略自卫队进攻前就被碇源堂下令安乐死，三代丽在消除莉莉丝影响后成为了一名医生。
尽前EVA驾驶员因其伟大事迹得到了全世界的广泛关注，但出于一些原因，联合国不希望他们过分暴露在公众视野中。
2023年2月14日，情人节，也被称为圣瓦伦丁节，埃律西昂帝国圣玛利亚市（OTL洛杉矶）的一处教堂内。
神父正在指挥众人布置着结婚典礼的会场，其中还有一部分像是情报部门的人在布置会场的安保，一看就像是有什么大人物到来的样子。
穿着一身西装的真嗣正在与美里小姐交谈着什么，而美里小姐则是穿着华丽的礼服。
“加持都去了那么久了，明日香还没出来吗？”美里说道。
“不知道，可能是还有什么事情需要准备吧。”真嗣说道，随后他看到了穿着婚纱的明日香。
“各位，久等了。”明日香说道。
“好了，两位，既然你们已经准备好了。”加持良治说道。“那么我就坐到台下去了，神父会安排好的。”
真嗣的妹妹碇丽（即原绫波丽），真嗣和明日香过去的同学们、朋友们，以及真嗣的前监护人皮埃尔·多里安和他的两个儿子，都坐在了教堂的椅子上等待婚礼开始，他们中的一些人，例如相田剑介，发现这场婚礼的安保等级相当高，四处都是穿着西装的特工，教堂外还有警戒的士兵。他们中的一些人知道这几年来一直有人想要置这些驾驶员于死地，但是这怎么看都像是有要人要到场的样子。
“好了，好了，所有人安静下来。”神父喊道。“现在让我们欢迎婚礼的一位贵宾入场。”
只见在教堂门口，一位身穿军礼服的老人走了进来，众宾客们迅速认出他就是巴西琉斯君士坦丁十五世，现场立马响起了雷鸣般的掌声。
2020年，君士坦丁十五世由于生了一场大病，身体已大不如前，由于长期操劳，尽管他才65岁，身体状况就已经和同年龄的老人们差了许多。
在一名近侍的搀扶下，君士坦丁十五世向着四周的人群不断挥手致意，来到了贵宾席就坐。
在所有人都已到位坐下后，神父宣布婚礼开始。
“在上帝以及今天来到这里的诸多见证人面前，当然还有我们的皇帝君士坦丁十五世陛下，我们来到这里，目睹并祝福这对进入神圣婚姻殿堂的男女，遵照主的旨意，相信二人将会白头偕老，地久天长。”
随后神父转向真嗣问道：“碇真嗣先生，以上帝之名，你愿意接纳惣流·明日香·兰格雷女士为你的妻子吗？无论贫穷和富贵，无论健康和疾病。”
“我愿意。”
神父又转向明日香问道：“惣流·明日香·兰格雷女士，以上帝之名，你愿意接纳碇真嗣先生为你的丈夫吗？无论贫穷与富贵，无论健康与疾病。”
“我愿意。”
他们互相交换婚戒给对方戴上。
“好了，现在我宣布。”神父说道。“以圣子、圣灵、圣父之名，我宣布他们结为夫妻，新郎，你现在可以吻新娘了。”
真嗣缓缓靠近了明日香，将她拉近，吻了上去。
全场马上响起了雷鸣般的掌声，君士坦丁十五世微笑着看着这一切，也加入了鼓掌的行列。
在教堂的角落里，式波·明日香·兰格雷正落寞地看着这一切，整个教堂里都充斥着欢乐的气氛，但此时她却显得格格不入。
明日香（式波）悄无声息地离开了教堂，正如她悄无声息地到来。
在后来的一段时间里，真嗣和明日香的朋友们收到了他们在很多地方拍的照片，像是英国伦敦的大本钟、法国巴黎的埃菲尔铁塔和卢浮宫、德国的科隆大教堂和柏林的勃兰登堡门、奥地利维也纳的美泉宫、罗马的斗兽场和万神殿、希腊的雅典卫城，当然还有君士坦丁堡的圣索菲亚大教堂。
后来，在一次军事行动中，式波·纪子·克鲁格上校失踪了，在经过数日搜寻无果后，埃律西昂国家安全委员会只能接受失去了这位特种作战专家的事实，没有人知道她身上发生了什么事。
明日香（式波）在车站月台上一个长椅上醒来。
“我又睡着了吗？不对，我刚刚明明不在这里的。”明日香（式波）自言自语道。“等等，我感觉自己好像经历了很多事，那些都是一场梦吗？”
在明日香（式波）的眼前，突然出现了14岁的真嗣（EOE）和14岁的明日香（EOE）。
“那不是一场梦，是真实发生过的。”真嗣（EOE）说道。
“在完成了这一切后，你也应当获得你应有的幸福。”明日香（EOE）说道。
明日香（式波）刚想说什么，他们便消失了。
“公主，你在这里啊，你看，我把小狗君给你带来了哦。”真希波·玛丽·伊兰崔亚斯说道，旁边则是已经成年了的真嗣（ROE）。
“你好，明日香，很高兴能再见到你。”真嗣（ROE）说道。
